Прошел год, как Шилова и его верных друзей перевели в отдел по борьбе с незаконным оборотом оружия. За это время сынишка Шилова и Максаковой немного подрос, Джексон более-менее наладил отношения с Юлией, а Арнаутов с Морозовой всё так же с нежностью глядят друг на друга. Панайотов скрылся в неизвестном направлении и не дает о себе знать, а Марианна, пытаясь хоть как-то наладить новую жизнь, после всех пережитых ужасов, с головой уходит в создание телевизионного ток-шоу «Горькая правда». Именно по приглашению Марианны Шилов должен принять участие в качестве эксперта на съемках сюжета программы. Но этим планам не суждено сбыться.

Группа неопознанных людей, ворвалась в студию и расстреляла всех, кто там был — режиссера, операторов, техперсонал, Марианну. Следователи связывают эти убийства с репортажем, над которым работала группа — скандал вокруг генерала Калюжного. Неприятности у генерала идут одна за другой с тех пор, как он перешел дорогу важной «шишке» из Минобороны — Волчанской. И хотя, расследование убийств теперь вне компетенции Шилова, оставаться в стороне он точно не собирается.

В девятом сезоне Роман Шилов возвращается в строй и переводится в Главное Управление МВД по Северу-Западу. Теперь зона его ответственности — весь регион. Отдел Шилова будет заниматься раскрытием резонансных преступлений. С «гражданки» вернётся Джексон, а из патрульно-постовой службы — Паша Арнаутов.

Первое дело отдела Шилова не заставило себя долго ждать — в торговом центре одного из городов Карелии происходит взрыв. Есть жертвы. Шилов подключается к расследованию и выясняет, что причиной трагедии стала борьба двух влиятельных лиц Лесноозерска за должность мэра и контроль над прибыльным предприятием города. Борьба идет не на жизнь, а на смерть.

Шилова пытаются пустить по ложному следу, надавить на его руководство, угрожают его семье, но Шилов и его друзья идут до конца. Они задерживают преступника, но это всего лишь исполнитель. Шилов понимает, что прошел только «первый уровень» на подступах к преступной организации, с которой ему еще предстоит столкнуться… В ходе следующего расследования Шилов вновь пересекается со своей случайной знакомой Марианной, о которой он вспоминал все это время. Марианне очень нужна его помощь. Похоже, что в личной жизни Шилова грядут большие перемены.

Во время операции в одной из «горячих точек» капитан Зимин спасает жизнь своему приемному отцу полковнику Дедову. Дедова забирают спасатели, а самого Зимина по трагической случайности оставляют, посчитав погибшим. Дедов не верит в смерть Зимина и пытается найти его или хотя бы его тело. Но ему везде отказывают в помощи. Сам же Зимин попал в плен, сбежал и вернулся в Питер ожесточенным, считая, что Дедов бросил его. Зимин попадает в поле зрения криминальных структур. И теперь Дедов, который случайно узнал о том, что Зимин жив, должен остановить своего приемного сына, уберечь от роковых и смертельных ошибок.

«Охота на бывших спецагентов обходится дорого»

Вооруженный бандит, лицо которого скрыто под маской, совершает налет на сберкассу. Во время нападения погибает молодая женщина, жена оперуполномоченного Фролова. Представителям «органов» достаточно быстро удается выйти на след бандита — неизвестный, позвонивший в отделение милиции, дает операм наводку на дачу, где скрывается преступник. Сотрудники милиции проводят операцию, в ходе которой задержан некий Андрей Громов, который на самом деле является сотрудником спец. служб. Вина его полностью доказана и он получает 12 лет колонии строгого режима…

Под видом бандита он должен был попасть в тюрьму, чтобы обзавестись связями в криминальном мире. А нападение на сберкассу послужило отличным поводом к этому. Громов был уверен, что спустя два-три года он выйдет на свободу. Но про него забыли. И вот Громов на свободе. Он хочет только одного — отомстить тем, кто оставил его на зоне. За вышедшим из тюрьмы агентом начинается охота. Но ликвидировать Громова сложно — он бывший спецназовец, кроме того, годы, проведенные в тюрьме, не прошли для него даром…